Nel 1258 gli uomini di Villa Basilica giurarono fedeltà al Comune di Lucca, il quale la incluse nella grande Vicaria "Terrarum Civium et Vallis Limae" e "di Valleriana".
Nel 1308, col nuovo Statuto popolare lucchese, il podestà di Villa Basilica fu insignito del titolo di Cavaliere ed il tributo del Comune di Villa per la Luminaria del 13 settembre fu stabilito in ben 40 libbre.
Dopo il sacco di Lucca, nel 1315 fu signore di Villa Basilica Azzo dei conti di Gragnano, marito di una giovane figlia di Castruccio; nel 1337, quando, caduto Castruccio, comandavano a Lucca gli Scaligeri, fu Vicario a Villa Basilica il Cavalier Persigalle, conosciuto come del Veglio, la torre del qual è celebre a Lucca in piazza della Misericordia.
Com'è noto, con la morte di Castruccio Antelminelli, il territorio lucchese subì, per circa quarant'anni, la dominazione straniera e, negli ultimi venti anni quella di Pisa, che fu particolarmente dura. 1n quel periodo gli uomini di Villa Basilica furono obbligati a dare la loro opera per il rafforzamento delle mura e nel 1354 organizzarono una ribellione che fu domata.
Giorgio Tori si è occupato indirettamente del territorio di Villa Basilica e della sua fortezza. Molti riferimenti a Villa ed all'importanza della rocca e della sua economia figurano infatti nel suo studio intitolato "Il Cerruglio all'epoca della dominazione pisana (1342-1369)".
Tori G., Il Cerruglio all'epoca della dominazione pisana (1342-1369), in "La Balestra", n. 19, Atti del Convegno storico celebrativo della fondazione di Montecarlo, Lucca, 1988.